Лаборатория анаэробных микроорганизмов ИБФМ РАН

– создана на базе лаборатории анаэробного метаболизма микроорганизмов в 2008 году и в настоящее время является частью Отдела Всероссийская коллекция микроорганизмов.

зав.лаб., кбн Щербакова Виктория Артуровна (vshakola@gmail.com)

Щербакова Виктория Артуровна - заведующий лабораторией анаэробных микроорганизмов ИБФМ РАН Работает в ИБФМ РАН с 1981 года после окончания РХТУ им Д.И. Менделеева.  В круг научных интересов входят исследования анаэробных бактерий экстремальных мест обитания. Наибольшую привязанность испытывает к меитанобразующим микроорганизмам, своими самыми значительными научными достижениями считает обнаружение метаногенов в толщах вечной мерзлоты. Автор более 80 публикаций. В 2010 году получила грант Японского аэрокосмического агентства  (JAXA) для работы в качестве приглашенного профессора  в Институте космической и астрономической науки (ISAS) для исследования возможности обнаружения на планетах Солнечной системы микроорганизмов подобных метаногенным археям.

Основные направления научной деятельности лаборатории

Поиск, выделение, описание и изучение анаэробных бактерий и метаногенных  архей из экстремальных мест обитания:
- содовые (щелочные) озера;
- грунт и криопэги вечной мерзлоты Арктики;
- экосистемы Антарктиды.
Исследование  некультивируемого разнообразия анаэробных микроорганизмов в эстремальных эконишах молекулярно-экологическими методами:
- ПЦР в реальном времени;
-  клонирование.
Изучение возможностей применения анаэробных бактерий и архей в биотехнологии:
- получение биоводорода и биогаза;
- антифризные белки;
- биотрансформация холиевых кислот

В 2008-2011 гг  в лаборатории анаэробных микроорганизмов проходили практику, выполняли курсовые и дипломные работы студенты Уральского, Кубанского и Самарского федеральных университетов, в 2012 году ожидается приезд студентов из Вятского университета.

Основные достижения

Впервые исследовано анаэробное микробное сообщество в хлоридно-натриевых рассолах (криопэгах) в многолетнемерзлых отложениях возрастом 100-120 тыс. лет. Криопэги остаются жидкими при температуре in situ от -9 до -11оС и представляют собой единственное место на Земле, характеризующееся постоянной отрицательной температурой, высокой соленостью и изолированностью от воздействия внешних факторов. Создана коллекция анаэробных и факультативно-анаэробных психрофильных и психротрофных микроорганизмов. В связи с возможностью использования подобных микроорганизмов в процессах низкотемпературной деградации ксенобиотиков, в качестве продуцентов биологически-активных веществ и белков, обладающих антифризной активностью, данная коллекция представляет собой значительный биотехнологический интерес.

 
Основные публикации

Ривкина Е.М., Лауринавичюс К.С., Гиличинский Д.А., Щербакова В.А. Метанобразование в вечномерзлых отложениях. Докл. АН, 2002, Т. 383, № 6, С. 830-833.

Щербакова В.А., Лауринавичюс К.С., Лысенко А.М., Сузина Н.Е., Акименко В.К. Метанобразующая сарцина из анаэробного сообщества, разрушающего п-толуолсульфонат. Микробиология. 2003. Т. 72. N 4.С. 547-554

Щербакова В.А., Чувильская Н.А., Головченко Н.П., Сузина Н.Е., Лысенко А.М., Лауринавичюс К.С., Акименко В.К. Анализ анаэробного сообщества микроорганизмов, разрушающего п-толуолсульфонат. Микробиология. 2003.Т.72.N 6.С. 752-758.

·Gilichinsky D., Rivkina E., Shcherbakova V., Laurinavichuis., Tiedje J. Supercooled Water Brines Within Permafrost-An Unknown Ecological Niche for Microorganisms: A Model for Astrobiology. Astrobiology. 2003. Vol. 3. N 2. P. 331-341.

Rivkina E., Laurinavichius K.,· McGrath J., Tiedje J., Shcherbakova V., Gilichinsky D. Microbial life in permafrost. Advan. Space Res. 2004. V.33.P.1215-1221

D. Gilichinsky, E. Rivkina, C. Bakermans, V. Shcherbakova, L. Petrovskaya, S. Ozerskaya, N. Ivanushkina, G. Kochkina, K. Laurinavichuis, S. Pecheritsyna, R. Fattakhova, J. Tiedje. Biodiversity of cryopegs in permafrost. FEMS Microbiol Ecol. 2005.V.53. P.117-128.

V. Shcherbakova, N. Chyvilskya, E. Rivkina, Pecheritsyna S.A., Laurinavichius K.S., Suzina N.E., Osipov Yu.A., Lysenko A.M., Gilichinsky D.A., Akimenko V.K.· Novel psychrophilic anaerobic spore-forming bacterium from the overcoolded water brine in permafrost: description Clostridium algoriphilum sp.nov. Extremophiles. 2005. 9: 239-246.
Gilichinsky D., Wilson G., Friedmann E. I., McKay C. P., Sletten R., Rivkina E., Erokhina L., Ivanushkina N., Kochkina G., Shcherbakova V., Soina V., Spirina E.,
Vorobyova E., Fyodorov-Davydov D., Hallet B., Ozerskaya S., Sorokovikov V.,
Laurinavichyus K., Shatilovich A., Chanton J., Ostroumov V., Tiedje J. Microbial Populations in Antarctic Permafrost: Implication for Astrobiology. Astrobiology. 2007. V.7. №2. P. 275-311.

Rivkina E., Shcherbakova V., Laurinavichius K., Pecheritsyna S.,· Krivushin K., Kraev G., Gilichinsky G. Biogeochemistry of methane and methanogenic archaea in permafrost. FEMS Microbial Ecology. 2007. V. 61. N. 1. P.1-15.

Печерицына С.А., Щербакова В.А., Холодов А.Л., Акимов В.Н., Абашина Т.Н.,· Сузина Н.Е., Ривкина Е.М.· Микробиологический анализ криопэгов Варандейского полуострова на побережье Баренцева моря. Микробиология, 2007. Т. 76. № 5. С. 694-701.

Трутко С. М.,· Щербакова В.А., Иванова И.В., Лысанская В.Я. Архипова О.В., Чувильская Н. А., Баскунов Б.П., Островский Д.Н., Акименко В.К.··· Взаимосвязь путей биосинтеза изопреноидов и катаболизма источника углерода у анаэробных и факультативно-аэробных бактерий. Микробиология. 2008. Т. 77. № 3. С.303-310.

Suetin S. V., V. A. Shcherbakova, N. A. Chuvilskaya, E. M. Rivkina, N. E. Suzina, A. M. Lysenko, Gilichinsky D. A. Clostridiumtagluense sp.nov., psychrotolerant anaerobic spore-forming bacterium from Canadien permafrost. Int J Syst Evol Microbiol. 2009. 59:1421-1426

Krivushin K. V., Shcherbakova V.A., Petrovskaya L.E., Rivkina E.M.· Methanobacterium veterum sp. nov., from ancient Siberian permafrost. Int J Syst Evol Microbiol. 2010. 60: 455 - 459.

Laurinavichene, T. V., B. F. Belokopytov, K S. Laurinavichius, DN. Tekucheva, M Seibert, A A. Tsygankov (2010) Towards the integration of dark- and photo-fermentative waste treatment. 3. Potato as substrate for sequential dark fermentation and light-driven H2 production.· International Journal of Hydrogen Energy 35(16): 8536-8543.

Shcherbakova V.A., Rivkina E.M., Pecheritsyna S.A., Laurinavichius K., Suzina N.E., Gilichinsky D.A.· Methanobacterium arcticum sp. nov., methanogenic archaeon from Holocene Arctic permafrost. Int J Syst Evol Microbiol. 2011. 61:144-147.

Pecheritsyna S.A., Rivkina E.M., Akimov V.N., Shcherbakova V.A. Desulfovibrio arcticus·sp. nov., a psychrotolerant sulfate-reducing bacterium from a cryopeg of the Varandey Peninsula. Int J Syst Evol Microbiol. 2012. 62: 33-37.

 
Сотрудники лабратории

Белокопытов Б.Ф., нс, кбн

Вотева Г.В. ст. лаб.

Рыжманова Я.В. мнс. yanki2@rambler.ru

Солдатенкова Г.А., инж. gal-sold@mail.ru

Трошина О.Ю., вед. инж, кбн. oltro676@yandex.ru

Чувильская Н.А., нс, кбн. chuvilskayanatalia@gmail.com

 
 

Участие в выполнении проектов, программ и договоров.

РФФИ 03-04-48719 (2003-2006 гг) Микроорганизмы из высокоминерализованных вод в толще вечной мерзлоты, руководитель кбн Щербакова В.А.

РФФИ  05-04-49641 (2005-2008 гг) Биосинтез изопреноидов микроорганизмами различных     таксономических групп при  адаптации к различным источникам  углерода, руководитель кбн Трутко С.М.

РФФИ  06-04-49011 (2006-2009 гг) Разнообразие и распространение бактерий в древних и современных водных соленых экосистемах руководитель кбн Щербакова В.А.

Совместно с Институтом биологических и физико-химических проблем почвоведения РАН:  
04-04-48257 (2004 -2006 гг) Механизмы адаптации микроорганизмов к отрицательным температурам в условиях вечной мерзлоты, вед. нуч. сотр., кбн Ривкина Е.М.

Договор подряда по проекту Министерства энергетики США (No. DE-AC36-99GO10337) (2007-2009 гг.): Получение микробного консорциума, способного к разложению крахмала с образованием водорода

Договор подряда по проекту ВНИИ Пищевой биотехнологии Россельхозакадемии (2007-2009 гг.)    Поиск микроорганизмов-продуцентов бутанола

Договор подряда по проекту Института Медико-биологических проблем РАН (2007-2009 гг.)  Анаэробная деструкция средств личной гигиены в условиях длительного космического полета

ФЦП Министерства образования и науки РФ 
(контракт № 16.518.11.7035) «Проведение исследований с целью обеспечения гарантированного сохранения генетического разнообразия микроорганизмов с использованием научно-технической базы УСУ «Всероссийская коллекция микроорганизмов», включающей азотное криогенное хранилище», 2011-2012 гг.

Программа Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», 2008-2012 гг.


142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел./факс: (495)956-33-70, boronin@ibpm.pushchino.ru; rta@ibpm.pushchino.ru; www.ibpm.ru


Разработка сайта - Alces