Всероссийская коллекция микроорганизмов

ВКМ

Отдел создан в 1980 г. в связи с решением Президиума АН СССР о передислокации Всесоюзной коллекции микроорганизмов в ИБФМ РАН из Института микробиологии РАН.  С момента создания и до 2003 г. отдел возглавлял член-корр. РАН Лев Владимирович Калакуцкий, ныне Советник РАН. С 2003 г. руководителем отдела является д.б.н. Людмила Ивановна Евтушенко (evtushenko@ibpm.pushchino.ru).

 

www.vkm.ru


Предоставляемые услуги ВКМ и их стоимость


Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ) имеет статус Международного органа по депонированию микроорганизмов для целей патентной процедуры (с 1987г.) и статус Коллекции национального значения (Постановление Правительства РФ от 24.06.96).
ВКМ - член Всемирной федерации коллекций культур (World Federation for Culture Collection – WFCC, http://www.wfcc.info) и Европейской организации коллекций культур  (European Culture Collections' Organisation – ECCO, http://www.eccosite.org).

 

Структура отдела
Лаборатория анаэробных микроорганизмов (рук. к.б.н. В.А. Щербакова)
Лаборатория мицелиальных грибов (рук. к.б.н. С.М. Озерская)
Сектор актиномицетов (рук. д.б.н. Л.И. Евтушенко)
Сектор бактерий (рук. к.б.н. Е.Б. Кудряшова)
Сектор дрожжевых грибов (рук. д.б.н. В.М. Голубев)
Сектор консервации микроорганизмов (рук. д.б.н. Е.О. Пучков)
Сектор информации и координации (рук. к.б.н. О.С. Ступарь)

 

Общая информация

  • • Характер и направление деятельности ВКМ как центра сбора, изучения, сохранения и предоставления широкого спектра микроорганизмов и информации о них для научных, образовательных и других учреждений, определены Постановлениями Президиума АН СССР (№942 /25.09.80) и Президиума РАН (№233 /01.07.03).

• ВКМ имеет статус Коллекции национального значения (Постановление Правительства РФ «О мерах по сохранению и рациональному использованию коллекций микроорганизмов» от 24.06.96).

• С 1987 г. ВКМ выполняет функции Международного органа по депонированию культур для целей патентной процедуры в соответствии с Будапештским договором (Budapest Treaty).

• ВКМ является коллективным членом Всемирной федерации коллекций культур (World Federation for Culture Collection – WFCC, http://www.wfcc.info) и Европейской организации коллекций культур (European Culture Collections' Organisation – ECCO, http://www.eccosite.org).

• В последние годы усилия специалистов ВКМ направлены на решение задач по достижению уровня мировых стандартов по всем видам коллекционной деятельности и созданию на базе ВКМ Биологического ресурсного центра (БРЦ) – коллекции культур нового поколения. Подобные центры, объединенные в информационные сети, рассматриваются ОЭСР в качестве ключевых элементов инфраструктуры современной биотехнологии и биологической науки. В фокусе внимания коллектива ВКМ – развитие фонда, научно-сервисных услуг и информационных ресурсов.

 

  • Работы ведутся с учетом международных стандартов деятельности БРЦ, в оперативном взаимодействии с Международным центром данных по микроорганизмам (WDCM) и ведущими БРЦ Европы, в том числе, в рамках международных проектов. Работы по развитию ВКМ находятся в русле задач «Комплексной Программы развития биотехнологий в Российской Федерации на период до 2020 года» положений Стратегии научно-технологического развития Российской Федерации, предусмотривающей создание конкурентоспособного на мировом уровне сектора исследований и разработок, предполагающего наличие развитой научной инфраструктуры.

Фонд ВКМ

Фонд ВКМ включает представителей всех основных надцарств (грибы, бактерии, археи) и физиологических групп (в т.ч., анаэробы, экстремофилы), типовые штаммы видов (более 2500), объекты интеллектуальной собственности, депонированные в ВКМ в связи с патентной процедурой (более 800), широкий спектр других культур с уникальными свойствами и биотехнологическим потенциалом, а также и представителей пока не описанных новых таксонов. Открытый каталожный фонд ВКМ (www.vkm.ru) содержит культуры более 750 родов и 3300 видов, идентифицированные в соответствии с современной системой классификации. Каталожный фонд ВКМ значительно превосходит каталогизированные фонды других микробных коллекций РФ по таксономическому разнообразию.

 

Услуги

Фонд ВКМ (http://www.vkm.ru/rus/Catalogue.htm) и наукоемкие сервисные услуги востребованы широким кругом пользователей в стране и мире. Ежегодно заключается около 150 договоров на предоставление штаммов и наукоемких сервисных услуг со сторонними организациями. По запросам организаций ежегодно предоставляется более 500 штаммов микроорганизмов, относящихся к различным родам и видам. ВКМ лидирует среди всех отечественных коллекций микроорганизмов по показателю цитирования штаммов фонда в публикациях и числу ссылок на штаммы в международных базах данных.  

 

База для научных исследований

ВКМ сегодня располагает полным комплексом современных методов и оборудования, необходимых для точной идентификации микроорганизмов (в том числе на уровне вида), обнаружения и описания новых таксонов различных групп микроорганизмов (бактерии, археи, мицелиальные и дрожжевые грибы) в соответствии с международными стандартами. В числе новых методов ВКМ – метод МАЛДИ масс-спектрометрии.

 

Основные направления научных исследований

· Оценка биологического (генетического) разнообразия микроорганизмов слабоизученных экосистем, в т.ч., экстремальных.
  • · Введение в культуру и всестороннее изучение новых микроорганизмов, выявление и описание новых таксонов, совершенствование системы классификации, развитие методов идентификации.
  • · Поиск и изучение новых биополимеров, ферментов и вторичных метаболитов микробного происхождения, в том числе, перспективных для решения таксономических задач и практического использования в биотехнологии.  

 

 

Научно-педагогическая деятельность

ВКМ является одним из центров повышения квалификации микробиологов из различных научных учреждений РФ и стран СНГ в области таксономии микроорганизмов и коллекционной деятельности. На базе ВКМ проходят практику и выполняют дипломные и диссертационные работы студенты, магистранты и аспиранты ПущГЕНИ и ряда других университетов страны. Специалисты ВКМ читают основные и факультативные курсы для магистрантов ПущГЕНИ, регулярно проводят мастер-классы по коллекционному делу во время тематических научных конференций.

 

Квалификация и профессиональная репутация специалистов ВКМ

В составе отдела ВКМ работают 5 докторов наук, 17 кандидатов наук, 17 специалистов с высшим образованием и высококвалифицированный технический персонал. Показателями профессиональной репутации специалистов отдела могут служить их избрание и работа в разные периоды времени в составе редколлегий российских и зарубежных научных журналов (FEMS Microbiol. Lett., Int. J. Syst. Evol. Microbiol., Микробиология, Успехи современной биологии и др.), Подкомитетов по таксономии отдельных групп микроорганизмов Международного комитета по систематике прокариот (ICSP), Исполкома Всемирной федерации коллекций культур (WFCC), экспертов ОЭСР по вопросам доступа к генетическим ресурсам, группы разработчиков единой информационной системы биоресурсных центров, присвоение зарубежными учеными названий новых родов и видов микроорганизмов в честь микробиологов из ВКМ и т. п.

 

Заведующая отделом ВКМ, д.б.н. Л.И. Евтушенко работает в ИБФМ РАН с 1979 г., после окончания МГУ им. М.В. Ломоносова. В фокусе научных интересов – изучение таксономического разнообразия микроорганизмов, преимущественно актинобактерий. Автор более 200 публикаций, в их числе более 30 глав в составе наиболее авторитетных международных изданий по микробиологии – «The Prokaryotes», «Bergey's Manual of Systematic Bacteriology» и «Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria». Профессор Пущинского государственного естественного научного института (ПущГЕНИ). Член 2-х Подкомитетов по таксономии Международного комитета по систематике прокариот. Имеет опыт работы в качестве Секретаря Подкомитета по таксономии бактерий подпорядка Micrococcineaeв (2002-2008) и редактора (Associate Editor) журнала International Journal of Systematic and Evolution Microbiology (2003-2007).

 

Наиболее значимые результаты научных исследований

• Результаты приоритетных исследований антифунгальной активности дрожжевых грибов выявили высокую степень корреляции группирования штаммов по чувствительности к микоцинам, последовательностям генов 28S рРНК и ряду других весомых таксономических характеристик. Метод микоцинотипирования эффективен в качестве таксономического инструмента и позволяет, в частности, выявлять гетерогенность ранее описанных видов дрожжей, сходных по традиционным таксономическим признакам.

• Результаты приоритетных исследований анионных полимеров клеточных стенок актинобактерий показали наличие высокой степени корреляции состава и структур полимеров с филогенетическим положением организмов. Полученные результаты открывают новые возможности для выявле6ния и описания новых видов среди филогенетически близких бактерий (более 99.5% сходства генов 16S рРНК), сходных с известными видами по традиционным фенотипическим признакам. Обнаружено более трех десятков новых структур гликолимеров, в их числе, нового класса – тейхулозоновые кислоты. (Совместно с Институтом органической химии РАН и Биологическим факультетом МГУ им. М.В.Ломоносова).

• Впервые исследовано разнообразие культивируемых и некультивируемых грибов (метагеномика) в образцах глубинных многолетнемерзлых отложений Арктики и Антарктики. Выявлены грибные комплексы и доминирующие виды более чем в 200 изученных образцах отложений различного генезиса, возраста, глубины залегания и географии. Результаты исследований представляют интерес в связи с оценкой численности и разнообразия микроорганизмов на планете и перспективами их использования в биотехнологии.

• Впервые обнаружены и изучены жизнеспособные микроорганизмы (бактерии, археи, грибы) в незамерзающих хлоридно-натриевых линзах рассолов (криопэгах) многолетнемерзлых отложений Восточной Сибири – уникальных природных объектах, характеризующихся постоянной низкой температурой (от -9 до -11оС), высокой соленостью и изолированностью от воздействия внешних факторов. Результаты исследований представляют интерес в связи с выяснением механизмов, обеспечивающих выживание и активность микроорганизмов при отрицательных температурах, и перспективами их биотехнологии.

• В образцах многолетнемерзлых отложений Арктики, содержащих метан, найдены и изучены метанобразующие археи, представители не известных ранее таксонов. Результаты исследований свидетельствуют об активном состоянии метаногенов в течении геологически значимого времени до периода промерзания и являются важным аргументом в пользу биогенного происхождения метана в вечной мерзлоте Арктики.

• Обнаружены новые бактериальные ассоцианты фитопатогенных галлообразующих нематод подсемейства Anguininae. В большинстве случаях доминирующие бактерии оказались представителями новых родов семейства Microbacteriaceae (описанными впоследствии как Agreia, Herbiconiux, Leifsonia), или относились к новым видам известных родов (Clavibacter, Curtobacterium, Microbacterium, Rathayibacter).

• Впервые осуществлена оценка мирового коллекционного фонда культивируемых грибов. На основе созданной базы данных FungalDC (www.vkm.ru), интегрированной с основными информационными ресурсами мира по грибам (WDCM, Index Fungorum, MycoBank, GenBank, StrainInfo), разработана информационно-справочная система, обеспечивающая доступ к имеющейся в мире информации (таксономия, номенклатура, биотехнология, вопросы биобезопасности и др.) по различным видам грибов.

• Опубликовано более 30 глав в составе наиболее авторитетных международных изданий по микробиологии – «Bergey's Manual of Systematic Bacteriology», «The Prokaryotes», «The Yeast Handbook», «The Yeasts, a Taxonomic Study». Материалы глав содержат исчерпывающий обзор современного состояния области исследований (филогения, таксономии, экология, генетика, биохимия, методы идентификации, аспекты практического использования и т.д.) групп микроорганизмов, в которых специалисты ВКМ являются признанными лидерами, а также собственные оригинальные результаты авторов.

 

Публикации

За последние 5 лет (2013-2017) опубликовано и представлено к печати более 130 статей, научных обзоров и глав в российских и международных изданиях, включая FEMS Microbiology Ecology, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Extremophiles, Trends in biotechnology, Nucleic Acids Research, Carbohydrate Research, Journal of Natural Products, Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (полный перечень публикаций имеется на сайте ВКМ www.vkm.ru).

 

Избранные публикции коллектива, касающиеся коллекционной деятельности

• Евтушенко Л.И., Голубев В.И., Озерская С.М., Соколов А.П., Калакуцкий Л.В. Всероссийская коллекция микроорганизмов: путь к биологическому ресурсному центру. История науки и техники. 2015, 5:19-36.

• Калакуцкий, Л. В. Доступ к генетическим ресурсам. Вестник Российской Академии наук, 2001, 71: 396-404.

• Калакуцкий, Л. В. Обращение с микроорганизмами: правила писаные и неписаные. Вестник Российского фонда фундаментальных исследований. 2005, №2: 35-60.

• Калакуцкий Л.В. Коллекции культур: от неустойчивого существования к устойчивому развитию. Сб. «Вопросы правового обеспечения научно-технической и инновационной деятельности». Информационно-аналитический сборник по материалам выездного расширенного заседания и «круглого стола» ГД. М.: Изд. Государственной Думы, 2011. C. 113-118.

• Калакуцкий Л.В. Коллекции микробов. В сб. «Сохранение биологического разнообразия России – основа устойчивого развития науки и наукоемких производств». Информационно-аналитический сборник по материалам слушаний на тему «Биологические коллекции России – основа устойчивого развития науки и наукоемких производств». Общественная палата Российской Федерации. Москва. 2011. С. 36-48.

• Калакуцкий Л.В., Озерская С.М. Биологические ресурсные центры: современное состояние в России и мире, проблемы организации, перспективы развития. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А.Овчинникова. 2011, 7(1): 28-40.

• Casaregola, S., Vasilenko, A., Romano, P., Robert, V., Ozerskaya, S., Kopf, A., Glöckner, F.O. & Smith, D. An information system for European culture collections: the way forward. SpringerPlus, 2016, 5: 772-782.

• Declerck S., Willems A., van der Heijden M.G., Varese G.C., Turkovskaya O., Evtushenko, L., Ivshina I., Desmeth P. PERN: an EU–Russia initiative for rhizosphere microbial resources. Trends in biotechnology. 2015, 33: 377-380.

• Kalakoutskii L.V. Microbial сulture сollections in Russia and former USSR - the сurrent ыituation and future prospects. Trends in Biotechnology, 1993, 11:443-450.

• Ozerskaya S.M., Vasilenko A.N, Verslyppe B., Dawyndt P. FungalDC: a database on fungal diversity in culture collections of the world. Inoculum, Suppl. to Mycologia. 2010, 61(3): 1-5.

• Schumann P., Kampfer P., Busse H.-J., Evtushenko L.I. Proposed minimal standards for describing new genera and species of the suborder Micrococcineae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2009, 59: 1823-1849.

• Vasilenko A., Ozerskaya S., Stupar O. Life science databases and possible interconnection with mBRC data. In: The 50th Anniversary of World Data Center for Microorganisms, p. 37. China, Beijing, September 6-8, 2016.

• Vasilenko A., Ozerskaya S., Stupar O. Current WFCC CC catalogues as a starting ground for networking efforts. WFCC Newsletter, 2011, 50: 5-15.

• Wu, L., Sun, Q., Sugawara, H., Yang, S., Zhou, Y., McCluskey, K., Vasilenko, A., Suzuki, K.-I., Ohkuma, M., Lee, Y., Vincent, R., Ingsriswang, S., Guissart, F., Desmeth, P., Ma, J. Global catalogue of microorganisms (GCM): a comprehensive database and information retrieval, analysis, and visualization system for microbial resources. BMC genomics, 2013, 14(1), 1.

• Wu L., Sun Q., Desmeth Ph., Sugawara H., McCluskey K., Smith D., Vasilenko A., Lima N., Ohkuma M., Robert V., Zhou Y., Li J., Fan G., Ingsriswang S., Ozerskaya S., Ma J. WDCM: an information infrastructure for the exploration and utilization of microbial strains preserved worldwide // Nucleic Acids Research. - 2017. - Vol. 45, N D1. – P. D611-D61

 

Некоторые выполненные проекты по коллекционной деятельности


ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы»

• Таксономические исследования, развитие информационных ресурсов и научно-организационные мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов в интересах пользователей, 2012-2013, Госконтракт № 14.518.11.7069.

• Проведение исследований с целью обеспечения гарантированного сохранения генетического разнообразия микроорганизмов с использованием научно-технической базы УСУ "Всероссийская коллекция микроорганизмов", включающей азотное криогенное хранилище», 2011-2012, Госконтракт № 16.518.11.7035.

• Исследования и мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ), 2007-2008, Госконтракт № 02.518.11.7092.

 

ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 годы»

• Таксономическое изучение микроорганизмов с использованием современных методов и подходов на установке «Всероссийская коллекция микроорганизмов» (ВКМ), 2005 (направление «Развитие инфраструктуры»). Госконтракт № 02.452.12.7112.

• Научно-образовательная деятельность Всероссийской коллекции микроорганизмов как базы профессиональной подготовки микробиологов Пущинского госуниверситета, 2005-2006. (Направление «Развитие инфраструктуры научно-технической и инновационной деятельности высшей школы и ее кадрового потенциала», 2005 г.)

 

РФФИ

• «Микроб» - интегрированная база данных по микроорганизмам, 1999-2001, рук. Л.В. Калакуцкий.

• Создание информационной системы по номенклатуре и таксономии микроорганизмов, 1996-1998.

 

ИЗБРАННЫЕ ДОКУМЕНТЫ

142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел./факс: (495)956-33-70, boronin@ibpm.pushchino.ru; rta@ibpm.pushchino.ru; www.ibpm.ru


Разработка сайта - Alces