Лаборатория мицелиальных грибов

-  входит в состав Отдела «Всероссийская коллекция микроорганизмов»,  создана в 2011 г. на базе сектора мицелиальных грибов отдела ВКМ.

Зав. лаб. Озерская Светлана Михайловна, д.б.н., smo@dol.ru

Озерская Светлана Михайловна

Работает в ИБФМ РАН с 1985 года. Окончила кафедру биологии почв Факультета почвоведения МГУ им. М.В.Ломоносова, там же защитила кандидатскую диссертацию по экологии микроскопических почвенных грибов. Научные интересы связаны с изучением разнообразия грибов в коллекциях культур, условий выделения грибов и сохранения их жизнеспособности.

Автор более 110 статей. В числе наиболее значимых результатов считает создание базы данных по разнообразию мирового коллекционного фонда культур грибов, FungalDC (Fungal diversity in culture collections), которая связана с основными микологическими (микробиологическими) информационными ресурсами (Index Fungorum, MycoBank, GenBank, WDCM, StrainInfo). FungalDC работает в режиме свободного доступа на сайте ВКМ (www.vkm.ru).

Сотрудники лаборатории


Кочкина Галина Александровна, с.н.с., к.б.н. gak@dol.ru.
Работает в ИБФМ РАН с 1985 года. Окончила кафедру биологии почв Факультета почвоведения МГУ им. М.В.Ломоносова, там же защитила кандидатскую диссертацию по экологии микроорганизмов. После окончания аспирантуры работала во ВНИИБиотехнология.                       
В фокусе научных интересов – таксономия зигомицетов, изучение разнообразия грибов в экстремальных местообитаниях. Автор более 95 статей.

Кочкина Галина Александровна

Иванушкина Наталия Евгеньевна, с.н.с., к.б.н. nei@dol.ru.
Работает в ИБФМ РАН с 1985 года. Окончила кафедру биологии почв Факультета почвоведения МГУ им. М.В.Ломоносова, там же защитила кандидатскую диссертацию по экологии микроскопических грибов. После окончания аспирантуры работала во НИИ судебной медицины Министерства юстиции СССР.

Научные интересы связаны с изучением таксономического разнообразия темноокрашенных грибов,· а также процессов развития грибов на природных и искусственных субстратах, выделением грибов в культуру и их идентификацией. Автор более 80 статей.

 Иванушкина Наталия Евгеньевна

Жилинская Наталия Витальевна, мл.н.с.
Проничева Инна Сергеевна, и.о. мл.н.с.
Князева Елена Владимировна,  ведущий инженер
Перчихин Юрий Абрамович, инженер, к.б.н.
Егорова Марина Олеговна, инженер
Скоркина Надежда Петровна, инженер
Мороз Наталья Сергеевна, ст. лаборант

Основные направления деятельности
Поддержание и изучение фонда грибов ВКМ – группы микроорганизмов, обладающих высоким биотехнологическим потенциалом, пополнение фонда новыми штаммами, изучение жизнеспособности культур разных таксонов в процессе длительного хранения различными методами, создание информационных банков данных по грибам и  каталогизация имеющейся информации по штаммам грибного фонда ВКМ. Большое внимание уделяется вопросам систематики, таксономии и номенклатуры грибов.
Научные исследования связаны, главным образом, с изучением разнообразия культивируемых и некультивируемых грибов в различных, в т.ч., экстремальных местообитаниях (арктические и антарктические глубинные многолетнемерзлые отложения, вулканические мерзлые пеплы Камчатки, криопэги, воды глубинных антарктических озер и др.), оценкой их потенциально полезных и потенциально опасных свойств.

Фонд мицелиальных грибов ВКМ
Фонд включает более 4200 штаммов, представителей всех групп грибов, традиционно поддерживаемых в коллекциях культур, в их числе Chromista (Hyphochytriomycota, Labyrinthulomycota, Oomycota), Fungi (Zygomycota, Ascomycota, Basidiomycota), а также грибоподобные организмы - Protozoa (Acrasiomycota, Myxomycota).
Наиболее крупные группы по численности и таксономическому разнообразию 
Оомицеты: 84 штаммов, 3 порядка, 4 семейства, 9 родов, 51 вид и вариант.
Зигомицеты: 604 штамма, 7 порядков, 17 семейств, 44 рода, 172 вида и варианта.
Аскомицеты: 3007 штаммов, 9 классов, 24 порядка, 99 семейств, 322 рода, 1091 вид и внутривидовой таксон. Основная часть коллекции сумчатых грибов – это
анаморфные культуры, мицелиальные телеоморфы представлены лишь 1/6
данного фонда – 466 штаммов, 83 рода, 181 вид и вариант.
Базидиомицеты: 439 штаммов, 11 классов, 38 порядков, 83 семейства, 176 родов и 448 вида и варианта. При этом мицелиальные грибы, представляющие анаморфные стадии базидиомицетов, насчитывают в ВКМ всего 48 штаммов – 12 родов, 24 вида и внутривидового таксона.
Сведения по мицелиальным грибам ВКМ включены в несколько сводных каталогов российских коллекций (Каталог…, 1976, 1981, 1992), электронный сводный каталог российских коллекций (www.vkm.ru, - последнее обновление 2003 года) и WFCC Global Catalogue of Microorganisms (GCM - gcm.wfcc.info/).

Основные научные результаты

  • Впервые исследовано разнообразие культивируемых и некультивируемых грибов (метагеномика) в образцах глубинных многолетнемерзлых отложений Арктики и Антарктики. Выявлены грибные комплексы и доминирующие виды более чем в 200 изученных образцах отложений различного генезиса, возраста, глубины залегания и географии. Создана коллекция  идентифицированных палеогрибов (более 700 штаммов различных родов и видов), представляющая интерес для различных направлений фундаментальных и научно-прикладных исследований, в т.ч., оценки границ ареалов микроорганизмов на планете. (Образцы для исследований предоставлены Институтом  биологических и физико-химических проблем почвоведения РАН).
  • Впервые произведена оценка таксономического разнообразия мирового коллекционного фонда грибов, определена их доля от общего числа описанных видов этих организмов, получены данные о реальном таксономическом разнообразии грибов, представленных в генетическом банке (GenBank NCBI). Полученные результаты позволяют выявить «белые пятна» в информации систематического (таксономического), филогенетического и номенклатурного характера по различным группам грибов.
  • Систематизированы многолетние данные по долгосрочному (более 40 лет) хранению культур мицелиальных грибов фонда ВКМ (2779 штаммов, 1227 видов, 426 родов) при консервации различными методами низкотемпературного замораживания и лиофильного высушивания. Создана база данных, позволяющая проводить оперативную оценку сроков длительного гарантированного сохранения жизнеспособности культурами широкого спектра таксонов при консервации различными методами.

Сотрудниками лаборатории опубликовано более 200 работ, в их числе экспериментальные статьи и обзоры в ведущих отечественных и зарубежных журналах, главы книг и учебных пособий (см. www.vkm.ru). Результаты исследований неоднократно докладывались на различных российских и международных конференциях.

Основные публикации, отражающие направления исследований
Антипова Т.В., Желифонова В.П., Баскунов Б.П., Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Козловский А Г. Новые продуценты биологически активных соединений ? грибы рода Penicillium, выделенные из отложений вечной мерзлоты // Прикл. биохимия и микробиология. 2011. Т.47. №3. С.318-323.
Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А., Еремина С.С., Озерская С.М. Опыт использования современных методов длительного хранения грибов в ВКМ // Микология и фитопатология. 2010. Т.44. Вып.1. С.19-30.
Козловский А.Г., Желифонова В.П., Антипова Т.В., Баскунов Б.П., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Профили вторичных метаболитов грибов подрода Penicillium рода Penicillium, выделенных из вечномерзлых отложений, как элементы полифазной таксономии.  Микробиология. 2012. Т.81. №3. С.332-338.
Кураков А.В., Новикова Н.Д., Озерская С.М., Дешевая Е.А., Геворкян С.А., Гогинян В.Б. Условно-патогенные и токсигенные микроскопические грибы среди деструкторов синтетических полимерных материалов // Авиакосмическая и экологическая медицина. 2007. Т.41. №5. С.49-55.
Gilichinsky D., Rivkina E., C. Bakermans, V. Shcherbakova, L. Petrovskaya, S. Ozerskaya, N. Ivanushkina, G. Kochkina, K. Laurinavichuis, S. Pecheritsyna, R. Fattakhova, J. Tiedje. Biodiversity of cryopegs in permafrost. FEMS Microbiol Ecol. 2005, 53: 117-128.
Ozerskaya S.M. Fungal diversity in Genbank. McGraw-Hill Yearbook of Science and Technology Publisher: McGraw-Hill Professional. NY.
Ozerskaya S.M., Ivanushkina N.E., Kochkina G.A., Eremina S.S., Vasilenko A.N., ChiginevaN.I. Long term preservation of fungal cultures in All-Russian collection of microorganisms (VKM): Protocols and results. In: Laboratory protocols in fungal biology: current methods in fungal biology. (Eds: Gupta V.K., Tuohy M., Manimaran A., Turner K.M., O’Donovan A.). 2012, Springer, N-Y.
Ozerskaya S.M., Kirillova N.P., Vasilenko A.N. FungalDC: a database on fungal diversity in genetic resource collections // IMA Fungus. 2012. V.3. N.1. P.9.
Ozerskaya S.M., Kochkina G.A., Ivanushkina N.E. Fungal diversity in GenBank: problems and possible Solutions. Inoculum, Supplement to Mycologia (Newsletter of the Mycological Society of America). 2010, 61(4): 1-4.
Ozerskaya S.M., Vasilenko A.N, Verslyppe B., Dawyndt P. FungalDC: a database on fungal diversity in culture collections of the world. Inoculum, Supplement to Mycologia (Newsletter of the Mycological Society of America). 2010, 61(3): 1-5.

Свидетельства о Государственной регистрации баз данных
Озерская С.М., Кочкина Г.А., Василенко А.Н., Максимова Л.А., Иванушкина Н.Е.
FungalDC - Разнообразие грибов в коллекциях культур. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2010620603. Зарегистрировано в Реестре баз данных 13.10.2010.
Озерская С.М., Кочкина Г. А., Василенко А.Н., Чигинева Н.И., Иванушкина Н.Е., Карпышева Н.Н., Кириллова Н.П., Растегаева Т.Ф. База данных: Фонд мицелиальных грибов Всероссийской коллекции микроорганизмов ИБФМ РАН. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2011620277. Зарегистрировано в Реестре баз данных 14.04.2011.

Участие в выполнении научных проектов

Микробиологические основы почвоведения (РФФИ, 1994-1996, рук. Звягинцев Д.Г., Факультет почвоведения МГУ им. М.В.Ломоносова).

Таксономическое разнообразие микромицетов и актинобактерий из древних биоценозов, находящихся в условиях многолетней естественной криоконсервации. (РФФИ, 1998-2000, рук. Озерская С.М.)

Фундаментальные основы формирования потенциально опасных микологических свойств почв. (РФФИ, 1999-2001, рук. Марфенина О.Е., Факультет Почвоведения МГУ им. М.В.Ломоносова).

Мицелиальные грибы в многолетнемерзлых отложениях приморских низменностей восточного сектора Арктики и сухих долин Антарктиды. (РФФИ,  2003-2005, рук. Озерская С.М.).

Гетероталлизм мукоровых грибов: физиолого-биохимические отличия (+) и (-) штаммов. (РФФИ, 2003-2005, рук. Феофилова Е.П., ИНМИ РАН).

Биохимическая адаптация мицелиальных грибов при освоении пищевых субстратов и новая стратегия защиты продуктов питания. (РФФИ, 2007-2008,  рук. Феофилова Е.П., ИНМИ РАН).

Стратегии выживания мицелиальных грибов при взаимодействии стрессовых факторов в условиях многолетнемерзлых отложений. (РФФИ, 2006-2008,  рук. Озерская С.М.).
Первичная молекулярно-филогенетическая оценка микробного содержания и в целом биогеохимического потенциала экосистемы самого глубокого пресноводного озера Радок как рифтогенного аналога подледникового озера Восток, Восточная Антарктида. (РФФИ, 2007-2009, рук. Булат С.А., ПИЯФ РАН).

Разнообразие культивируемых и некультивируемых грибов в мерзлотных почвах и многолетнемерзлых породах Антарктиды. (РФФИ, 2009-2011, рук. к.б.н. Озерская С.М.).

Исследование возможности установления региональной принадлежности наркотических средств растительного происхождения на основе изотопного анализа. (Госконтракт с Министерством обороны РФ, 2004, рук. Зякун А.М., ИБФМ РАН).

Исследование возможности проведения сравнительного анализа образцов наркотических средств растительного происхождения по составу простейших (мицелиальных) грибов. (Госконтракт с Министерством обороны РФ., 2005, рук. Озерская С.М.).

Исследование возможности поражения грибами фонографических (звуковых) восковых валиков. (Контракт с Федеральным государственным научно-исследовательским учреждением «Государственный институт искусствознания» и Государственным литературным музеем, 2007-2008, рук. Озерская С.М.).
Проведение микробиологических анализов образцов промышленных материалов, подвергающихся длительному хранению, 2012  (Договор  с НИИТФА  Госкорпорации «Росатом», рук. Озерская С.М.).

Таксономическое изучение микроорганизмов с использованием современных методов и подходов на установке: «Всероссийская коллекция микроорганизмов» (ВКМ), 2005.  (ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 гг», направление «Развитие инфраструктуры». Министерство  образования и науки РФ, Госконтракт № 02.452.12.7112, рук. Евтушенко Л.И.).

Научно-методическое,  организационное и материально-техническое обеспечение функционирования уникального стенда «Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ)» для проведения научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ по приоритетным направлениям программы, 2006. (ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 гг», направление «Развитие инфраструктуры». Министерство образования и науки РФ, Госконтракт № 02.452.11.7019, рук. Евтушенко Л.И.).

Исследования и мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ) в интересах пользователей, 2007-2008. (ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы",  Министерство образования и науки РФ, Госконтракт № 02.518.11.7092, рук. Евтушенко Л.И.).

Проведение исследований с целью обеспечения гарантированного сохранения генетического разнообразия микроорганизмов с использованием научно-технической базы УСУ “Всероссийская коллекция микроорганизмов”, включающей азотное криогенное хранилище», 2011-2012. (ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы", Министерство  образования и науки РФ, Госконтракт № 16.518.11.7035, рук. Евтушенко Л.И.).

Таксономические исследования, развитие информационных ресурсов и научно-организационные мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов в интересах пользователей, 2012-2013. (ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы", Министерство  образования и науки РФ, Госконтракт № 14.518.11.7069, рук. Евтушенко Л.И.).

Инфраструктура исследований микробных ресурсов (Microbial Resource Research Infrastructure – MIRRI), 2012-2015, рук. Э. Стакебрандт, Германия. (7-я Рамочная Программа научных исследований Евросоюза).

Создание банков данных по ризосферным микроорганизмам (Banking Rhizosphere Micro-Organisms – BRIO), 2011-2014, рук. Ф. Десмет, Бельгия. (7-я Рамочная Программа научных исследований Евросоюза). http://cordis.europa.eu/projects/rcn/98780_en.html


142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел./факс: (495)956-33-70, boronin@ibpm.pushchino.ru; rta@ibpm.pushchino.ru; www.ibpm.ru


Разработка сайта - Alces