Сектор бактерий

Руководитель к.б.н. Кудряшова Екатерина Борисовна (katryn@ibpm.pushchino.ru)

Работает в ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН в отделе ВКМ с 1989 г. после окончания аспирантуры при Всесоюзном научно-исследовательском институте экспериментальной ветеринарии им. Я.Р. Коваленко, г. Москва. Диссертационная работа посвящена изучению возбудителей актиномикоза животных. В 1984г. окончила Троицкий ветеринарный институт (ФГБОУ Уральская государственная академия ветеринарной медицины). Автор более 30 публикаций и двух патентов. Научные исследования связаны с изучением биологического разнообразия и таксономии аэробных эндоспоробразующих бактерий, в т.ч., выделенных из экстремальных мест обитаний.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Сотрудники сектора

Акимов Владимир Николаевич, с.н.с, (akimov@ibpm.pushchino.ru ),

Арискина Елена Викторовна, с.н.с., (lena@ibpm.pushchino.ru),

Стародумова Ирина Павловна, инженер,

 

Дряглева Наталья Сергеевна, ст. лаборант.

  • Таксономическая ревизия фонда бактерий ВКМ, включающего массивы штаммов, выделенных российскими (советскими) микробиологами в ходе различных экспедиций и помещенных в ВКМ в 60-70-х гг. прошлого столетия.
  • Исследование таксономического разнообразия бактерий, обитающих в различных слабоизученных наземных и водных экосистемах, с использованием микробиологических и молекулярно-биологических методов; выявление и описание новых таксонов.

Наиболее значимые результаты

  • Cреди бактерий поддерживаемого фонда, выявлено несколько новых родов и десятки новых видов, ждущих своего описания.
  • Создана уникальная коллекция культур (более 300 штаммов), выделенных из многолетнемерзлых грунтов Сибири разного геологического возраста (до 2 млн. лет.).
  • Обнаружена таксономическая специфичность анионных полимеров клеточной стенки комплекса "Bacillus subtilis" – группы биотехнологически значимых близких видов, трудно различимых по традиционным фенотипическим признакам (совместно с ИОХ РАН и Биологическим факультетом МГУ им. М.В.Ломоносова).

Основные публикации,  отражающие направления исследований сектора
Арискина Е.В., Черноусова Е.Ю., Лаптева Н.А., Акимов В.Н. Оценка таксономического разнообразия простековых бактерий родов Brevundimonas и Caulobacter, выделенных из различных экосистем Евразии с использованием анализа генов 16S рРНК. Микробиология, 2011, 80: 396-402.
Арискина Е.В. Магниточувствительные включения в клетках прокариот. Микробиология. 2003, 72: 293-300.
Вайнштейн М.Б., Кудряшова Е.Б. О нанобактериях. Микробиология. 2000, 69: 163-174.
Кудряшова Е.Б., Винокурова Н.Г., Арискина Е.В. Bacillussubtilisи фенотипически близкие штаммы – продуценты гексаеновых антибиотиков. Микробиология. 2005, 41: 553-557.
Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Потехина Н.В., Козлова Ю.И., Тульская Е.М., Сенченкова С.Н., Кудряшова Е.Б., Ананьина Л.Н. Углеводсодержащие полимеры клеточных стенок некоторых штаммов группы Bacillussubtilis. Микробиология. 2011, 80 (1): 24-32.
Черноусова Е.Ю., Акимов В.Н., Гриднева Е.В., Дубинина Г.А., Грабович М.Ю. Филогенетический insitu/exsitu анализ микробного сообщества серного мата из термального сульфидного источника Северного Кавказа. Микробиология, 2008, 77: 255-260.
Namsaraev Z., Akimov V., Tsapin A., Barinova E., Nealson K., Gorlenko V. Marinospirillumcelere sp. nov., a novel haloalkaliphilic, helical bacterium isolated from Mono Lake. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009, 59: 2329-2332.
Plotnikova E. G., E.G., Anan'ina L.N., Krauzova V.I. Ariskina E.V., Prisyazhnaya N.V., Lebedev A.T., Demakov V.A., Evtushenko L.I. Thalassospira permensis sp. nov., a novel halotolerant bacterium isolated from a naphthalene-utilizing consortium. Microbiology (Moscow) 2011, 80: 703–712.
Sturhan D., Shutova T.S., Akimov V.N., Subbotin S. Occurrence, hosts, morphology, and molecular characterisation of Pasteuria bacteria parasitic in nematodes of the family Plectidae. Journal of Invertebrate Pathology. 2005, 88: 17-26.
Vainshtein M., Suzina N., Kudryashova E., Ariskina E. New magnet-sensitive structures in bacterial and archaeal cells. Biology of the Cell. 2002, 94: 29-35.
Shashkov A.S., Streshinskaya G.M., Kozlova Yu.I., Senchenkova S.N., Arbatsky N.P., Kudryashova E.B. A novel type of teichoic acid from the cell wall of Bacillus subtilis VKM B-762. Carbohydrate Research. 2011, 346: 1173-1177.
Gridneva E., Chernousova E., Dubinina G., Akimov V., Kuever J., Detkova E., Grabovich M. Taxonomic investigation of representatives of the genus Sphaerotilus: descriptions of Sphaerotilus montanus sp. nov., Sphaerotilus hippei sp. nov., Sphaerotilus natans subsp. natans subsp. nov. and Sphaerotilus natans subsp. sulfidivorans subsp. nov., and an emended description of the genus Sphaerotilus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2011, 61: 916-925.
(Полный список публикаций можно найти на сайте ВКМ www.vkm.ru)
Патенты
Патент РФ № 2189391. Вайнштейн М.Б., Кудряшова Е.Б., Арискина Е.В., Лебедев Н.А., Гарейшина А.З., Ахметшина С.М. 2002. «Штамм Pseudomonas species 45, используемый для обессеривания нефти и нефтепродуктов».

Патент РФ № 2314693 С2, Буяновский Э.К., Кудряшова Е.Б., Санцевич Н.И., Кадомцева В.М. 2008 «Ассоциация бактерий для получения биопрепарата, биопрепарат, повышающий плодородие почвы и оздоравливающий ее, обладающий противогрибковыми и стимулирующими рост растений свойствами, и способ его получения».
Участие в проектах
ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Таксономические исследования, развитие информационных ресурсов и научно-организационные мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов в интересах пользователей, 2012-2013, (Министерство  образования и науки РФ, Госконтракт № 14.518.11.7069, рук. Л.И. Евтушенко).

Проведение исследований с целью обеспечения гарантированного сохранения генетического разнообразия микроорганизмов с использованием научно-технической базы УСУ “Всероссийская коллекция микроорганизмов”, включающей азотное криогенное хранилище», 2011-2012, Министерство  образования и науки РФ, Госконтракт № 16.518.11.7035, рук. Л.И. Евтушенко).

МНТЦ
Оживление некультивируемых микроорганизмов вечной мерзлоты Сибири (2009–2011,  Проект № 3925, рук. Кудряшова Е.Б.).
Выщелачивание никелевых руд умеренно ацидофильными бактериями (2007-2010, Проект № 3624, рук. Филонов А.Е., ИБФМ РАН).
Гранты РФФИ
Жизнеспособность и биологическая активность разных типов нанноклеток, образованных из бактерий и архей  (2000-2003, рук. Кудряшова Е.Б.)
Филогенетическая характеристика бактерий в растительных галлах и нематодах на основе анализа генов 16S рРНК (2001-2004, рук. Акимов В.Н.)
Разработка нового метода изучения биоразнообразия и идентификации микроорганизмов в природных средах с использованием олигонуклеотидных маркеров (2003-2005, рук. Дуда В.И., ИБФМ РАН)
Характеристика новых нанобактерий, изолированных из различных природных биотопов (2006 – 2008, рук. Дуда В.И., ИБФМ РАН)
Разнообразие структур углеводсодержащих полимеров клеточной поверхности грамположительных бактерий семейства Bacillaceae (2007-2010, рук. Стрешинская Г.М., Биологический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова)
Изучение устойчивости и выживание микроорганизмов и их сообществ в экстремальных экосистемах – озеро Восток (Антарктида) и гидротермы Узон-Гейзерной депрессии (Камчатка) (2008-2011, рук. Гальченко В.Ф., ИНМИ РАН)
Изучение сообществ бесцветных серобактерий низкотемпературных морских экосистем и термальных пресноводных сульфидных источников (РФФИ, 2009-2011, рук. Грабович М.Ю., Воронежский государственный университет)
Хемотаксономические перспективы изучения тейхоевыех кислот и других углеводсодержащих полимеров клеточных стенок видов группы "Bacillus subtilis" (2010-2013, рук. д.б.н. Потехина Н.В., Биологический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова)
Другие.


142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел./факс: (495)956-33-70, boronin@ibpm.pushchino.ru; rta@ibpm.pushchino.ru; www.ibpm.ru


Разработка сайта - Alces