Научные подразделения:

Отдел «Всероссийская коллекция микроорганизмов»:

• Лаборатория мицелиальных грибов.
• Лаборатория анаэробных микроорганизмов.
• Сектор информации и координации.
• Лаборатория биологии и геносистематики дрожжевых грибов.
• Сектор бактерий.
• Сектор актиномицетов.
• Сектор консервации микроорганизмов.

Лаборатории

• Лаборатория биологии плазмид.
• Лаборатория молекулярной микробиологии.
• Лаборатория энзимологии генетических процессов.
• Лаборатория микробной энзимологии.
• Лаборатория биохимии клеточной поверхности микроорганизмов.
• Лаборатория масс-спектрометрии.
• Лаборатория аэробного метаболизма микроорганизмов.
• Лаборатория адаптации микроорганизмов.
• Лаборатория микробиологической трансформации органических соединений.
• Лаборатория энзиматической деградации органических соединений.
• Лаборатория биологии вирусов бактерий
• Лаборатория радиоактивных изотопов.
• Лаборатория цитологии микроорганизмов.
• Лаборатория биосинтеза и получения ферментов.
• Лаборатория физиологии микроорганизмов.
• Лаборатория биосенсоров.
• Лаборатория регуляции биохимических процессов.
• Временный научно-творческий коллектив трёхмерных структур микроорганизмов.

Научно-вспомогательные  подразделения:

• Центр экспериментальной биотехнологии.
• Установка лабораторных ферментеров.
• Лаборатория питательных сред.
• Служба учёного секретаря