Лаборатория молекулярной микробиологии

Солонин Александр МихайловичЗаведующий лабораторией – Солонин Александр Сергеевич

 

Лаборатория является самостоятельным научным структурным подразделением Института. Лаборатория молекулярной микробиологии создана на основании приказа директора Института №101 от «18» мая 2006.

 

 

 

 

 

 

Лаборатория молекулярной микробиологии состоит фактически из 5 научно-творческих групп, каждая из которых участвует в решении одной или нескольких научных задач. Руководителями групп являются старшие научные сотрудники с большим многолетним опытом работы. Это следующие группы:

Захарова Марина Викторовна1. Группа старшего научного сотрудника Захаровой Марины Викторовны сосредоточена на конструировании систем защиты организмов-продуцентов биологически активных веществ от чужеродных ДНК и включает анализ регуляторных элементов генов СРМ EcoRII и Cfr9I.
Экспериментально определены области промоторов генов этих систем и места связывание РНКП E.coli c их регуляторными областями. Сконструированы искусственные системы защиты бактериальной клетки от фаголизиса. На выбранной модельной системе было продемонстрирована возможность увеличения устойчивость к инфицированию бактериофагами в 103-104 раз штаммов – продуцентов биологически активных веществ, за счет введения в эти штаммы дополнительных плазмид с генами СРМ. За пять лет изучены молекулярные механизмы регуляции экспрессии генов защиты бактерий от бактериофагов транскрипционными факторами различной природы - специфическими белками в СРМ EcoRV, Ecl18kI и asRNA в СРМ Eco29kI 

 

 

 

 

Зимин Андрей Антонович2. Группа старшего научного сотрудника Зимина Андрея Антоновича занимается исследованием генетических основ биоразнообразия кишечных бактериофагов. Эта задача включает исследование параметров трансдукции низкокопийной плазмиды R15 псевдо-Т-четными бактериофагами и возрастной динамики микроэкологической системы E.coli «бактерия-фаг-плазмида» кишечной нормофлоры свиней.   Проведены опыты по трансдукции низкокопийной плазмиды R15 псевдо-Т-четными бактериофагами и показано, что изменение метода получения клонов трансдуктантов приводит к повышению частоты трансдукции для фага RB43 до 2,5 на 10-3 клонов на одну БОЕ и для RB49 до 1,6 на 10-5 клонов на одну БОЕ. Определён титр коли-бактериофагов в образцах содержимого пищеварительного тракта свиней; проведена молекулярно-генетическая характеризация (методом ПЦР) выделенных 13 фагов; фрагменты геномов 4-х фагов секвенированы. Определён плазмидный профиль всех выделенных штаммов E.coli; у одного из штаммов обнаружена плазмида, обеспечивающая резистентность к хинолонам. Сделаны выводы, позволяющие составить первичное представление о синхронической картине возрастной динамики количественных и качественных изменений между содержанием кишечной палочки, плазмид выделенных из штаммов бактерий и фагов E.coli в биоматериале пищеварительного тракта исследуемых животных. К достижениям отчетного периода можно отнести обнаружение, что частота трансдукции псевдо-Т-четным бактериофагом RB43 может превышать 10 в минус второй степени.

 

3. Группа старшего научного сотрудника Ивашиной Татьяны Владимировны проводит анализ генетического контроля биосинтеза и процессинга внеклеточных полисахаридов у симбиотических бактерий.
На основании комплексного изучения структур экзополисахаридов (ЭПС), cтруктурно-функциональной организации генов биосинтеза ЭПС и их мутационного анализа предложена модель сборки повторяющихся звеньев полимеров у симбиотических азотфиксирующих бактерий Rhizobium leguminosarum bv. viciae и bv. trifolii. Предсказаны функции для 9-ти белков с измененным уровнем синтеза, либо синтезируемых denovo в штаммах R. l. bv. viciae и bv. trifolii с мутацией в гене гликозилтрансферазы PssA. Пять белков отнесены к ABC транспортной системе; два белка - к НАД(Н) зависимым FMN-редуктазам, 1 белок является таурин диоксигеназой и один - дисульфид изомеразой. Большинство из генов, кодирующих данные белки локализованы на эндогенных плазмидах ризобий. Отсутствие экспрессии гена pssA в бактероидах позволяет предположить, что представители «pssA-стимулона» являются белками, синтез которых происходит в симбиотическом состоянии бактерий. В ходе пятилетних исследований получены приоритетные данные о полярной локализации гликозилтрансфераз биосинтеза кислого внеклеточного полисахарида, синтезируемого азотфиксирующими симбиотическими бактерями Rhizobium leguminosarum. Предложена модель сборки повторяющегося октасахаридного звена экзополисахарида у штаммов R. leguminosarum bv. viciae и R. leguminosarum bv. trifolii. Высказано предположение, что представители «pssA-стимулона» являются белками, синтез которых происходит в симбиотическом состоянии бактерий.

4. Группа зав. лабораторией Солонина Александра Сергеевича исследует пороформирующие токсины B. cereus и регуляцию экспрессии этих генов при изменении условий окружающей среды.

Показано, что Bacillus cereus может атаковать дафнии и мембраны клеток водоросли Chara corallina с помощью гемолизина HlyII. При этом наблюдается значительное уменьшение потенциала покоя (Vm) и сопротивления плазмалеммы (Rm) клеток водоросли. Степень эффективности каждого штамма была пропорциональна уровню синтеза гемолизина II, т.е. гемолитической активности и, соответственно, способности продуцировать HlyII. Эксперименты с очищенным токсином показывают, что именно он является основным повреждающим фактором, обуславливающим эффекты, наблюдаемые как на дафниях так и на клетках водорослей. Оба атакуемых организма и B. cereus живут в одной и той же экологической нише. Начаты работы по поиску фактора индуцирующего HlyII в плазме крови человека. Описана роль глобального регулятора Fur и двухкомпонентной системы сигнальной трансдукции ResD-ResE, отвечающей за регуляцию генов микро (аэробного) и анаэробного метаболизма у бактерий рода Bacillus  в регуляции экспрессии гена гемолизина II, а также механизм действия транскрибционного регулятора HlyIIR. В экспериментах in vivo и in vitro продемонстрировано участие UP-элементов промотора гена гемолизина II в инициации его транскрипции. В природных делеционных вариантах наблюдается изменение механизма инициации транскрипции. За отчетный период были достигнуты следующие основные результаты: детально описаны как этапы транскрипционной регуляции гена гемолизина II, так и этапы порообразования HlyII, продемонстрирована возможность атаки дафний и харовых водорослей, которые занимают туже экологическую нишу, что и Bacillus cereus. HlyII способен преодолевать гликокализ эукариот.

Состав лаборатории:

В состав лаборатории молекулярной микробиологии входят:
заведующий лабораторией                         Солонин Александр Сергеевич
старший научный сотрудник                    Захарова Марина Викторовна
старший научный сотрудник                    Зимин Андрей Антонович
старший научный сотрудник                    Ивашина Татьяна Владимировна
старший научный сотрудник                    Грановский Игорь Эдуардович
старший научный сотрудник                    Холод Наталья Степановна
научный сотрудник                                     Латыпов Олег Рустамович
научный сотрудник                                     Бударина Жанна Игоревна
научный сотрудник                                     Глухов Игорь Леонидович
научный сотрудник                                     Канапина Асият Шарапудиновна
научный сотрудник                                     Ковалевская Жаннак Ивановна
научный сотрудник                                     Никитин Дмитрий Валерьевич
научный сотрудник                                     Сиунов Александр Васильевич
научный сотрудник                                     Шадрин Андрей Михайлович
младший научный сотрудник                   Ашина Наталья Петровна
младший научный сотрудник                   Ибрящкина Елена Михайловна
младший научный сотрудник                   Мокрищева Марина Леонидовна
младший научный сотрудник                   Нагорных Максим Олегович
младший научный сотрудник                   Холодков Олег Александрович
ведущий инженер                                         Майоров Сергей Геннадиевич
ведущий инженер                                         Клюева Анна Анатольевна
ведущий инженер                                         Семенова Лидия Михайловна
старший инженер                                         Нестеренко Владимир Федорович
старший инженер                                         Юркова Татьяна Петровна
инженер                                                          Шапырина Екатерина Валерьевна
старший лаборант                                        Дручкова Юлия Николаевна
старший лаборант                                        Захарова Любовь Александровна
старший лаборант                                        Лукьянова Тамара Александровна
старший лаборант                                        Гуэикова Валентина Владимировна
старший лаборант                                        Сенечкина Ирина Владимировна
старший лаборант                                        Маевская Галина Федоровна
старший лаборант                                        Певцова Наталья Викторовна
старший лаборант                                        Чупракова Галина Пантелеймоновна
аспирант                                                        Салямов Вадим Имхатович

 
Список публикаций

  1. Bragin EY, Shtratnikova VY, Dovbnya DV, Schelkunov MI, Pekov YA, Malakho SG, Egorova OV, Ivashina TV, Sokolov SL, Ashapkin VV, Donova MV. Comparative analysis of genes encoding key steroid core oxidation enzymes in fast-growing Mycobacterium spp. strains. J Steroid Biochem Mol Biol. 2013 Mar 6. doi:pii: S0960-0760(13)00047-2. 10.1016/j.jsbmb.2013.02.016. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 23474435.( I. F. 3,053)
  2. Ivashina TV, Nikolayeva VM, Dovbnya DV, Donova MV. Cholesterol oxidase ChoD is not a critical enzyme accounting for oxidation of sterols to 3-keto-4-ene steroids in fast-growing Mycobacterium sp. VKM Ac-1815D. J Steroid Biochem Mol Biol. 2012 Mar;129(1-2):47-53. doi: 10.1016/j.jsbmb.2011.09.008. Epub 2011 Oct 10. PubMed PMID: 22015543. .( I. F. 3,053)
  3. . Д. Никитин, М. Мокрищева, А. Солонин. Связывание с операторно-промоторным районом снижает метилирующую активность M.Ecl18. Биохимия 2012, Vol. 77, No. 3, p. 307-311. .( I. F. 1.06)
  4. Sineva E, Shadrin A, Rodikova EA, Andreeva-Kovalevskaya ZI, Protsenko AS, Mayorov SG, Galaktionova DY, Magelky E, Solonin AS. Iron regulates expression of Bacillus cereus hemolysin II via global regulator Fur. J Bacteriol. 2012 Jul;194(13):3327-35. doi: 10.1128/JB.00199-12. Epub 2012 Apr 20. PubMed PMID:22522892; PubMed Central PMCID: PMC3434755. .( I. F.3.94)
  5. Kataev AA, Andreeva-Kovalevskaya ZI, Solonin AS, Ternovsky VI. Bacillus cereus can attack the cell membranes of the alga Chara corallina by means of HlyII. Biochim Biophys Acta. 2012 May;1818(5):1235-41. doi: 10.1016/j.bbamem.2012.01.010. Epub 2012 Jan 17. PubMed PMID: 22281415. .( I. F.4.66)
  6. Lapteva YS, Zolova OE, Shlyapnikov MG, Tsfasman IM, Muranova TA, Stepnaya OA, Kulaev IS, Granovsky IE. Cloning and expression analysis of genes encoding lytic endopeptidases L1 and L5 from Lysobacter sp. strain XL1. Appl Environ Microbiol. 2012 Oct;78(19):7082-9. doi: 10.1128/AEM.01621-12. Epub 2012 Aug 3. PubMed PMID: 22865082; PubMed Central PMCID: PMC3457467.(I. F.3.829).
  7. Glukhov AS, Krutilina AI, Shlyapnikov MG, Severinov K, Lavysh D, Kochetkov VV, McGrath JW, de Leeuwe C, Shaburova OV, Krylov VN, Akulenko NV, Kulakov LA. Genomic analysis of Pseudomonas putida phage tf with localized single-strand DNA interruptions. PLoS One. 2012; 7(12):e51163. doi: 10.1371/journal.pone.0051163. Epub 2012 Dec 7. PubMed PMID: 23236447; PubMed Central PMCID: PMC3517423. (I. F. 4.092)
  8. Shadrin A, Sheppard C, Severinov K, Matthews S, Wigneshweraraj S. Substitutions in the Escherichia coli RNA polymerase inhibitor T7 Gp2 that allow  inhibition of transcription when the primary interaction interface between Gp2 and RNA polymerase becomes compromised. Microbiology. 2012 Nov;158 (Pt 11):2753-64. doi: 10.1099/mic.0.062547-0. Epub 2012 Sep 13. PubMed PMID: 22977089. (I. F. 3.06)
  9. .Скобликов Н.Э., Кононенко С.И., Зимин А.А. Эффективность различных способов применения нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli для профилактики пост-отъёмной диареи поросят в условиях интенсивного производства свинины // Научный журнал КубГАУ [Электронный ресурс]. - Краснодар: КубГАУ, 2012. - №78(04). – Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2012/04/60/ (I. F. 0.029)
  10. Скобликов Н.Э., Кононенко С.И., Зимин А.А. Комбинированное применение нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli с пробиотиком в пост-отъёмном периоде у поросят в целях повышения качества свинины // Научный журнал КубГАУ [Электронный ресурс]. - Краснодар: КубГАУ, 2012. - №78(04). – Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2012/04/61/(I. F. 0.029)
  11. Скобликов Н. Э., Кононенко С.И., Зимин А. А. Оптимальная схема применения нетрансдуцирующих бактериофагов E.coli для профилактики пост-отъёмной диареи поросят. Труды КубГАУ, выпуск 4 (37), стр. 169-173, 2012 г(I. F. 0.029)
  12. Зимин А.А., Микулинская Г.В., Нигматуллина Л.Ф., Назипова Н.Н. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Нос бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae. Математическая биология и биоинформатика. Том 7, № 2, 2012 г., 611631. .(I. F. 0.190)
  13. Скобликов Н.Э., Забашта Н.Н., Тузов И. Н., Зимин А. А. Экспериментальный пробиотик и его влияние на динамику количественных и качественных изменений содержания E. coli кишечного микробиоценоза поросят // Труды КубГАУ. 2012г.,  6 (39), в печати. (I. F. 0.029)
  14. . Nikitin D.V. Solonin A.S. Mokrishcheva M. L. Bifunctional prokaryotic DNA - methyltransferases Chapter 1. In: "Methylation - from RNA, DNA and histones to diseases and treatment, InTech Open Access Book , iConcept Press, 2012, p. 1-18
  15. . Ivashina T.V., Ksenzenko V.N. Exopolysaccharide biosynthesis in Rhizobium leguminosarum: from genes to functions. Chapter 4. In: “The Complex World of Polysaccharides”, D. N. Karunaratne (ed.), InTech, 2012, p. 99-126.
  16. Mokrishcheva M., Solonin A., and Nikitin D. (2012). Role of gene fusion in evolution of restriction endonucleases. Chapter proposal accepted into iConcept Open Access Book Basic methods of protein purification ISBN 978-14775550-5-7 

2011

  1. . Ходырев Д.С., Логинов В.И., Пронина И.В., Казубская Т.П., Забаровский Е.Р., Солонин А.С., Брага Э.А. Изменение метилирования генов из критичных районов хромосомы 3 в эпителиальных опухолях Молекулярная медицина 2011, 1, 3-7 .(I. F. 0.45)
  2. . Ю.В.Бобрышев, В.П. Карагодин, Ж.И. Ковалевская, В.А. Мясоедова, Е.В. Шапырина, В.И.Салямов, Ю.М. Каргаполова, Д.Ю. Галактионова, А.А. Мельниченко, А.Н. Орехов. Численность клеток и клеточная пролиферация в интиме различных артерий человека. Цитология, 2011, т.53,№10, с.59-69. .(I. F. 0.322)
  3. Бобрышев Ю.В., Карагодин В.П., Ковалевская Ж.И., Шапырина Е.В., Каргаполова Ю.М., Галактионова Д.Ю., Салямов В.И., Орехов А.Н.  Пролиферация клеток при различных типахорожения сонных и коронарных артерий Сборник научных трудов "Проблемы и перспективы современной науки” Том 3 - №1. - Томск - 2011.
  4. Захарова М. "Сайт-специфическая рекомбинация в структурной эволюции плазмид. Горизонтальный перенос генов: от гипотезы до эксперимента" 2011 LAP LAMBERT Academic Publishing Количество страниц 164
  5. Бударина Ж. Гемолизин II Bacillus cereus иллюзия или реальность? 2011, LAP LAMBERT Academic Publishing Количество страниц 144,  ISBN 978-3-8433-2020-7
  6.  Ибряшкина Е. Особенности структурной организации эндонуклеазы рестрикции Eco29kI, 2011 LAP LAMBERT Academic Publishing Количество страниц 80, ISBN 978-3-8443-5041-8
  7. Mokrishcheva ML, Solonin AS, Nikitin DV. Fused eco29kIR- and M genes coding for a fully functional hybrid polypeptide as a model of molecular evolution of restriction-modification systems. BMC Evol Biol. 2011 Feb 3;11:35. doi: 10.1186/1471-2148-11-35. PubMed PMID: 21291520; PubMed Central PMCID: PMC3039593. .(I. F. 3.52)
  8. Sheppard C, Cámara B, Shadrin A, Akulenko N, Liu M, Baldwin G, Severinov K, Cota E, Matthews S, Wigneshweraraj SR. Reprint of: inhibition of Escherichia coli RNAp by T7 Gp2 protein: role of negatively charged strip of amino acid residues in Gp2. J Mol Biol. 2011 Oct 7;412(5):832-41. doi: 10.1016/j.jmb.2011.07.064. Epub 2011 Jul 30. PubMed PMID: 21819993. .(I. F.4.00)
  9. Nagornykh M, Zakharova M, Protsenko A, Bogdanova E, Solonin AS, Severinov K. Regulation of gene expression in restriction-modification system Eco29kI. Nucleic Acids Res. 2011 Jun;39(11):4653-63. doi: 10.1093/nar/gkr055. Epub 2011 Feb 9. PubMed PMID: 21310712; PubMed Central PMCID: PMC3113576. .(I. F.8.03)
  10.  Arslanbaeva L.R., Zherdeva V.V., Ivashina T.V., Vinokurov L.M., Morozov V.B., Olenin A.N., Savitskii A.P. Induction-resonance energy transfer between the terbium-binding peptide and red fluorescence preteins DsRed2 and TagRFP. Biophysics, 2011, v.56, №3, p. 381-386. .(I. F.0.430)
  11. Sheppard C, Cámara B, Shadrin A, Akulenko N, Liu M, Baldwin G, Severinov K, Cota E, Matthews S, Wigneshweraraj SR. Inhibition of Escherichia coli RNAp by T7  Gp2 protein: role of negatively charged strip of amino acid residues in Gp2. J Mol Biol. 2011 Apr 15;407(5):623-32. doi: 10.1016/j.jmb.2011.02.013. Epub 2011 Feb 18. PubMed PMID: 21316373. .(I. F. 4.00)
  12. Лебедева Е.С., Ивашина Т.В., Донова М.В. Идентификация генов, катализирующих первую стадию окисления стеринов у штамма Mycobacterium sp. ВКМ ФС-1815Д. Вестник Уральской медицинской акnbsp;nbsp;адемической науки.№4/1 (38), 2011, стр. 197-198.
  13. Лаптева Ю., Золова О.Э., Соколов А., Степная О.А., Грановский И. Штаммы Lysobacter sp. XL1 и XL2 не содержат плазмид. Учен. зап. Казан. ун- та. Сер. Естеств. науки. – 2011. – Т. 53, кн. 2. – С. 63-72.

2010

  1. Teplova VV, Andreeva-Kovalevskaya ZI, Sineva EV, Solonin AS. Quick assessment of cytotoxins effect on Daphnia magna using in vivo fluorescence microscopy. Environ Toxicol Chem. 2010 Jun;29(6):1345-8. doi: 10.1002/etc.169. PubMed PMID: 20821578. .(I. F. 2.81)
  2. Kovalevskiy OV, Solonin AS, Antson AA. Structural investigation of transcriptional regulator HlyIIR: influence of a disordered region on protein fold and dimerization. Proteins. 2010 Jun;78(8):1870-7. doi: 10.1002/prot.22700. PubMed PMID: 20225260. .(I. F. 3.39)
  3. Riazanova AIu, Molochkov NV, Abrosimova LA, Alekseevskiĭ AV, Kariagina AS, Protsenko AS, Friedhoff P, Oretskaia TS, Kubareva EA. [Secondary structure of SsoII-like (cytosine-5)-DNA methyltransferases N-terminal region determined by circular dichroism spectroscopy]. Mol Biol (Mosk). 2010 Sep-Oct; 44(5):911-21. Russian. PubMed PMID: 21090246. .(I. F. 0.66)
  4. Арсланбаева Л.Р., Жердева В.В., Ивашина Т.В., Винокуров Л.М.,Русанов А.Л., Савицкий А.П. Генетически кодируемая FRET-пара на основе тербий-связывающего пептида и красного флуоресцентного белка. Прикл. биохим. микробиол, 2010, т.46, №2, с. 1-6. (I. F. 0.560)
  5. Rusanov A.L., Ivashina T.V., Vinokurov L.M., Goryashenko A.S., Zherdeva V.V., Savitsky A.P. FRET-sensor for imaging with life time resolusion. Laser Application in Life Sciences (ed. M.Kinnunen, R. Myllyla. Proceedings of the SPIE, 2010, v.7376, p.737611-1-6.(I.F. 1.56)
  6. Лапшин Г.Д., Горященко А.С., Хренова М.Г., Русанов А.Л., Ивашина Т.В., Жердева В.В., Савицкий А.П. Оптимизация длины линкера в генетически кодируемых сенсорах каспазы-3. Современные проблемы науки и образования, 2011, №6 («приложение» Биологические науки), стр.18.
  7. Ivashina TV, Fedorova EE, Ashina NP, Kalinchuk NA, Druzhinina TN, Shashkov AS, Shibaev VN, Ksenzenko VN. Mutation in the pssM gene encoding ketal pyruvate transferase leads to disruption of Rhizobium leguminosarum bv. viciae-Pisum sativum symbiosis. J Appl Microbiol. 2010 Aug;109(2):731-42. doi:10.1111/j.1365-2672.2010.04702.x. Epub 2010 Feb 11. PubMed PMID: 20233262. .(I. F. 2.337)
  8. Rusanov AL, Ivashina TV, Vinokurov LM, Fiks II, Orlova AG, Turchin IV, Meerovich IG, Zherdeva VV, Savitsky AP. Lifetime imaging of FRET between red fluorescent proteins. J Biophotonics. 2010 Dec;3(12):774-83. doi: 10.1002/jbio.201000065. Epub 2010 Oct 5. PubMed PMID: 20925107. .(I. F. 4.240)
  9. Cámara B, Liu M, Reynolds J, Shadrin A, Liu B, Kwok K, Simpson P, Weinzierl R, Severinov K, Cota E, Matthews S, Wigneshweraraj SR. T7 phage protein Gp2 inhibits the Escherichia coli RNA polymerase by antagonizing stable DNA strand separation near the transcription start site. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Feb 2;107(5):2247-52. doi: 10.1073/pnas.0907908107. Epub 2010 Jan 19. PubMed PMID: 20133868; PubMed Central PMCID: PMC2836649. .(I. F. 9.681)
  10. Ковалевская Жанна И. Монография "Бактериальные пороформирующие токсины" Выделение и характеристика гемолизина II Bacillus cereus) LAP LAMBERT Academic Publishing, Год издания 2010 164 стр ISBN 978-3-8433-0117-6

2009

  1. Protsenko A, Zakharova M, Nagornykh M, Solonin A, Severinov K. Transcription regulation of restriction-modification system Ecl18kI. Nucleic Acids Res. 2009 Sep;37(16):5322-30. doi: 10.1093/nar/gkp579. Epub 2009 Jul 10. PubMed PMID: 19592424; PubMed Central PMCID: PMC2760811. .(I. F. 8.03)
  2. Semenova E, Nagornykh M, Pyatnitskiy M, Artamonova II, Severinov K. Analysis of CRISPR system function in plant pathogen Xanthomonas oryzae. FEMS Microbiol Lett. 2009 Jul;296(1):110-6. doi: 10.1111/j.1574-6968.2009.01626.x. Epub 2009 May 7. PubMed PMID: 19459963. .(I. F. 2.04)
  3. Bogdanova E, Zakharova M, Streeter S, Taylor J, Heyduk T, Kneale G, Severinov K. Transcription regulation of restriction-modification system Esp1396I. Nucleic Acids Res. 2009 Jun;37(10):3354-66. doi: 10.1093/nar/gkp210. Epub 2009 Mar 30. PubMed PMID: 19336410; PubMed Central PMCID: PMC2691842. .(I. F. 8.03)
  4. Sineva EV, Andreeva-Kovalevskaya ZI, Shadrin AM, Gerasimov YL, Ternovsky VI, Teplova VV, Yurkova TV, Solonin AS. Expression of Bacillus cereus hemolysin II in Bacillus subtilis renders the bacteria pathogenic for the crustacean Daphnia magna. FEMS Microbiol Lett. 2009 Oct;299(1):110-9. doi: 10.1111/j.1574-6968.2009.01742.x. Epub 2009 Jul 31. PubMed PMID: 19686345. .(I. F. 2.04)
  5. Ibryashkina EM, Sasnauskas G, Solonin AS, Zakharova MV, Siksnys V. Oligomeric structure diversity within the GIY-YIG nuclease family. J Mol Biol. 2009 Mar 20;387(1):10-6. doi: 10.1016/j.jmb.2009.01.048. Epub 2009 Jan 30. PubMed PMID: 19361436. .(I. F. 4.00)
  6. Ковалевский О.В. Антсон А.А. Солонин А.С. Укорочение неупорядоченной петли С-концевого домена регулятора транскрипции HLYIIR вызывает его структурную перестройку. Молекулярная Биология 43(1):126-135, 2009 PubMed PMID: 19334535; PubMed Central PMCID: PMC3145143. .(I. F. 0.66)
  7. Mikoulinskaia GV, Odinokova IV, Zimin AA, Lysanskaya VY, Feofanov SA, Stepnaya OA. Identification and characterization of the metal ion-dependent L-alanoyl-D-glutamate peptidase encoded by bacteriophage T5. FEBS J. 2009 Dec;276(24):7329-42. doi: 10.1111/j.1742-4658.2009.07443.x. Epub . PubMed PMID:19919545. .(I. F. 3.790)
  8. Федотова EA, Проценко АС, Захарова, Лаврова НВ, Алексеевский AВ, Орецкая TС, Карягина AС, Солонин, Кубарева EA. “SsoII-подобная ДНК-метилтрансфераза Ecl18kI: взаимосвязь между регуляторной и метилирующей функциями”. Биохимия. 2009 74(1):85-91 PubMed PMID: 19232054. .(I. F. 1.06)
  9. Сиунова ТВ, Сиунов АВ, Кочетков ВВ, Боронин АМ - cnr- Подобный оперон в штамме Comamonassp., кодирующий устойчивость к кобальту и никелю. Генетика, 2009 45(3):336-41. Russian. PubMed PMID: 19382684. (I. F. 0.43)
  10. Smits C, Chechik M, Kovalevskiy OV, Shevtsov MB, Foster AW, Alonso JC, Antson AA. Structural basis for the nuclease activity of a bacteriophage large terminase. EMBO Rep. 2009 Jun;10(6):592-8. Epub 2009 May 15. PubMed PMID:19444313; PubMed Central PMCID: PMC2685612. (I. F. 7.355)
  11. Leonid A. Kulakov, Vladimir N. Ksenzenko, Michael G. Shlyapnikov, Vladimir V. Kochetkov, Antonio Del Casale, Christopher C.R. Allen, Michael J. Larkin, Pieter-Jan Ceyssens, Rob Lavigne - Genomes of “phiKMV-like viruses” of Pseudomonas aeruginosa contain localize single-strand interruptions. Virology (2009), vol. 391, p. 1-4. (I. F. 3.351)
  12. Зимин А.А., Васильева Е.А., Фишман К.С. Трансдукция плазмид бактериофагами Т4-типа: теоретические и практические аспекты. Вестник новых медицинских технологий. №8470;1, 2009, 207-210. .(I. F. 0.059)
  13.  Зимин А.А., Васильева Е.А., Васильева Е.Л., Фишман К.С., Скобликов Н.Э., Кременчуцкий Г.Н., Мурашев А.Н. Биобезопасность в фаговой и пробиотической терапии: проблемы и решения. Вестник новых медицинских технологий. №8470;1, 2009, 200-202. . (I. F. 0.059)
  14. Васильева Е.Л., Зимин А.А. Экспериментальные модели фаговой терапии эшерихозов. Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологический, том 114, выпуск 3, 2009, приложение 1, часть 1. "Экология, Природные ресурсы. Рациональное природопользование. Охрана окружающей среды."стр 140-147. (I. F. 0.148)
  15. Зимин А.А., Васильева Е.Л., Васильева Е.А., Фишман К.С., Сузина Н.Е. Исследование трансдукции плазмид бактериофагами Т4-типа: трансдукция в природных условиях, выделение новых трансдуцирующих бактериофагов, изучение трансдукции плазмид в отсутствии селекции антибиотиком и трансдукция низкокопийных плазмид. Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологический, том 114, выпуск 3, 2009, приложение 1, часть 1. "Экология, Природные ресурсы. Рациональное природопользование. Охрана окружающей среды." стр. 330-337. .(I. F. 0.148)
  16. Айвазян С.Р., Грановский И.Э., Филиппова В.В., Воронцова Н.И., Малов В.А., Белецкий И.П. Современная лабораторная диагностика острых кишечных инфекций. Молекулярная медицина, 2009, №3, стр. 3 – 8. .(I. F. 0.45)
  17. Зимин А.А., Кадыров Ф.А., Томашевский А.Ю. Конструирование и функциональный анализ делеционных мутантов гена ДНК-лигазы бактериофага Т4 Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологический, том 114, выпуск 3, 2009, приложение 1, часть 1. "Экология, Природные ресурсы. Рациональное природопользование. Охрана окружающей среды" стр. 338-348. .(I. F. 0.148)

2008

  1. М.О. Нагорных, Е.С. Богданова, А.С. Проценко, М.В. Захарова, А.С. Солонин, К.В. Северинов. Регуляция экспрессии генов систем рестрикции-модификации второго типа. Обзор. Генетика, 2008, том 44, № 5, с. 606-615PubMed PMID: 18672793. .(I. F. 0.43)
  2. Андреева-Ковалевская Ж.И., Солонин А.С., Синева Е.В., Терновский В.И. Пороформирующие белки и адаптация организмов к условиям окружающей среды. Успехи биологической химии, 2008, 48:267-318. .(I. F. 1.06)
  3. Shcherbakov VP, Shcherbakova T, Plugina L, Sizova S, Kudryashova E, Granovsky I. Genetic recombination induced by DNA double-strand break in bacteriophage T4: nature of the left/right bias. DNA Repair (Amst). 2008 Jun 1; 7 (6):890-901. doi: 10.1016/j.dnarep.2008.02.012. Epub 2008 Apr 8. PubMed PMID: 18400566. .(I. F. 3.99)
  4. Brok-Volchanskaya VS, Kadyrov FA, Sivogrivov DE, Kolosov PM, Sokolov AS, Shlyapnikov MG, Kryukov VM, Granovsky IE. Phage T4 SegB protein is a homing endonuclease required for the preferred inheritance of T4 tRNA gene region occurring in co-infection with a related phage. Nucleic Acids Res. 2008 Apr; 36 (6):2094-105. doi: 10.1093/nar/gkn053. Epub 2008 Feb 16. PubMed PMID: 18281701; PubMed Central PMCID: PMC2330249. .(I. F. 8.03)
  5. Щербаков В.П., Сизова С.Т., Щербакова Т.С., Грановский И., Попадьин К.Ю.
    Измерение in vivo точности репарации двунитевых разрывов ДНК бактериофага Т4 Генетика. 2008. Т. 44. № 9. С. 1178-1183. .(I. F. 0.43)
  6.  Schostak N, Pyatkov K, Zelentsova E, Arkhipova I, Shagin D, Shagina I, Mudrik E, Blintsov A, Clark I, Finnegan DJ, Evgen'ev M. Molecular dissection of Penelope transposable element regulatory machinery. Nucleic Acids Res. 2008 May;36(8):2522-9. Epub 2008 Mar 4. PubMed PMID: 18319284; PubMed Central PMCID:PMC2377424. .(I. F. 8.03)
  7. Глухов И.Л., Сирота Н.П., Кузнецова Е.А. Повреждения ДНК в мононуклеарных клетках человека, индуцированное бактериальным эндотоксином Бюллетень экспериментальной биологии и медицины 2008 , 146 , 9, 275-277.PubMed PMID: 19240845. .(I. F. 0.23)
  1. Е.А. Федотова, Ф.Ян, Е.А.Кубарева,Е.А. Романова, А.С. Проценко, М.Б. Вирясов, Т. Гианик, Т.С. Орецкая. Синтез и свойства модифицированных ДНК-фрагментов с включением тимидингликоля. Биоорганическая химия, 2008, том 34, №2, с. 236-244PubMed PMID: 18522280. .(I. F. 0.636)
  1. ВВ Стрельников, ВВ Землякова, ИП Белецкий, ИЭ. Грановский Е.М. Пальцева Д.В. Залетаев ДНК-микрочипы в диагностике онкологических заболеваний - Молекулярная медицина, 2008 5, 4-11 .(I. F. 0.45)
  2. Bogdanova E, Djordjevic M, Papapanagiotou I, Heyduk T, Kneale G, Severinov K. Transcription regulation of the type II restriction-modification system AhdI. Nucleic Acids Res. 2008 Mar;36(5):1429-42. Epub 2008 Jan 18. PubMed PMID:18203750; PubMed Central PMCID: PMC2275141. .(I. F. 8.03)

(суммарный импакт фактор 146.314)

 
Полученные патенты

  1. 1 А.В. Гаврюшкин, Ю.М. Шляпников, С.В. Бирюков, Е.А. Шляпникова, И.П. Белецкий, И.Э. Грановский. Способ изготовления многофункционального мультичипа, мультичип для последовательного или параллельного скрининга биополимеров, способ анализа биополимеров и набор для осуществления способа. Патент на изобретение № 2321638, опубликован 10.04.2008. Дата приоритета - 23.05.2006.
  2. И.Э. Грановский, И.П. Белецкий,  Е.А. Шляпникова, Ю.М. Шляпников, А.В. Гаврюшкин, С.В. Бирюков. Биочип. Патент на полезную модель № 69866, Регистрация 10. 01. 2008 г., Срок действия до 14.09.2017 г. Дата приоритета - 14.09.2007.
  3. И.Э. Грановский, И.П. Белецкий,  Е.А. Шляпникова, А.В. Гаврюшкин, С.В. Бирюков. Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей ДНК инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа. Патент на изобретение № 2348695, опубликован 10.03.2009. Дата приоритета - 23.05.2006.
  4. Грановский И.Э., Лаптева Ю.С., Латыпов О.Р., Калинин А.Е., Васильева Н.В., Цфасман И.М., Степная О.А., Кулаев И.С. Литический фермент AlpA бактерии Lysobacter sp. XLI, фрагмент ДНК, кодирующий литический фермент AlpA бактерии Lysobacter sp. XLI, и способ получения литического фермента AlpA бактерии Lysobacter sp. XLI. Патент № 2407782 от 27.12.2010 г. Заявка на патент РФ № 2009105828/13(007797)
  5. Грановский И.Э., Лаптева Ю.С., Латыпов О.Р., Калинин А.Е., Васильева Н.В., Цфасман И.М., Степная О.А., Кулаев И.С. Литический фермент AlpA бактерии Lysobacter sp. XLI, фрагмент ДНК, кодирующий литический фермент AlpB бактерии Lysobacter sp. XLI, и способ получения литического фермента AlpB бактерии Lysobacter sp. XLI. Патент № 2408725 от 10.01.2011 г. Заявка на патент РФ № 2009105830/13(007789)
  6. Глухов И.Л., Шматченко В.В., Леонтьевский А.А.Фотометрический способ определения концентрации общего билирубина в сыворотке крови с помощью бактериальной оксидазы из Bacillus pumilus., RU 2418072 C1, опубликован 10.05.2011
  7. Глухов И.Л., Леонтьевский А.А., Способ определения суммарной антиокислительной активности растительного масла. RU 2421719 C1, опубликован 20.06.2011 

Список грантов, договоров, контрактов

  1. FIRCA РА02-057 Регуляция экспрессии генов рестрикции-модификации Regulation of restriction-modification genes expression 2005-2008 проф. Северинов К.С.
  2. РФФИ 06-04-49667-а Регуляция экспрессии генов систем рестрикции-модификации, расположенных на мобильных элементах 2006-2008 Рук. А. Солонин
  3. РФФИ 07-04-01563-а "Изменения в бактериальном геноме и малых прокариотических геномах, вызываемые трансдукцией природных плазмид вирулентными бактериофагами", рук. А.А.Зимин
  4. РФФИ № 07-04-01718-а. “Биосинтез и процессинг внеклеточного полисахарида у симбиотических бактерий Rhizobiumleguminosarum.” 2007-2009 гг. (руководитель Ивашина).
  5. РФФИ №  07-08-00783-а. “Изучение регуляции модификации и катаболизма стеринов у сапрофитных микобактерий: основа для создания биотехнологических методов получения 3бета-гидроксиандростанов.” 2007-2009 гг. (исполнитель Ивашина).
  6. РФФИ №07-04-01706-а  HlyIIR, транскрипционный регулятор гена гемолизина II Bacillus cereus: модель взаимодействия с операторными участками и механизм регуляции экспрессии hlyII рук. М.В. Захарова
  7. РФФИ: 08-04-99111р_офи Применение нетрансдуцирующих бактериофагов в профилактике и лечении кишечного эшерихиоза свиней. Рук. Скобликов Н.Э.
  8. РФФИ №08-04-01424-а Функциональная роль гемолизина II Bacillus cereus: молекулярные механизмы патогенеза рук. Ж. И. Андреева
  9. РФФИ №08-04-01331-а Участие глобального регулятора Fur в контроле факторов патогенности бацилл цереусной группы как реализация механизма адаптации рук. Ж. И. Бударина
  10. РФФИ 09-04-10132-к "Организация и проведение экспедиции с целью сравнительного исследования биоразноообразия бактериофагов Myoviridae в южных субтропических районах России и для получения новых фаготерапевтических бактериофагов", рук. А.А.Зимин
  11. РФФИ 09-04-90824-моб_ст " Научная работа российского молодого ученого в Институте биохимии и физиологии микоорганизмов им. К.Г.Скрябина РАН по теме: "Экология взаимодействия бактерий нормофлоры кишечника сельскохозяйственных животных и бактериофагов"", рук. А.А.Зимин
  12. РФФИ №09-04-01467-а Молекулярные механизмы адаптации бактерий : зависимость экспрессии факторов патогенности бацилл цереусной группы от условий окружающей среды  рук. А.С.Солонин
  13. РФФИ № 10-04-01346, 2010 – 2012 гг., «Структурно-функциональный анализ хоминг-эндонуклеазы SegD бактериофага Т4», – Рук. И. Грановский
  14. .РФФИ №11-04-02120а, 2011-2012 гг., «Мембранные гликозилтрансферазы биосинтеза внеклеточного полисахарида симбиотических бактерий: функции и участие в образовании комплекса» – Рук. Т.Ивашина
  15. РФФИ № 11-04-96575-р_юг_ц, , 2011-2012 гг., «Исследование возрастной динамики микроэкологической системы E.coli «бактерия-фаг-плазмида» сумма
  16. РФФИ  № 12-08-00895-а «Гетерологическая экспрессия генов стероидогенеза млекопитающих в непатогенных микобактериях” 2012-2014 гг. (исполнитель Ивашина).
  17. РФФИ №12-04-00558-а, 2012-2014 «Патогенность как проявление адаптивности микроорганизмов: молекулярные механизмы участия глобального регулятора Fur в экспрессии пороформирующих токсинов B. cereus рук А. Солонин
  18.  РФФИ 12-04-31064 мол_а "РНК-зависимая регуляция генов систем рестрикции-модификации типа II." Нагорных М. О.
  19. РФФИ 12-04-31905 мол_а "Новые бифункциональные ферменты рестрикции-модификации" Мокрищева М. Л.
  20. РФФИ № 12-04-90864-мол_рф_нр, проект, 2012 гг., «Исследование популяционной динамики микроэкологической системы E. coli "бактерия-бактериофаг" кишечного микробиоценоза свиней при применении экспериментальных пробиотических и фаговых препаратов.» – Рук. А. Зимин
  21. Договор № 60/10. «Разработка условий экспрессии гена L-фенилаланин-аммоний-лиазы R. toruloides в E. coli». Срок действия 27.09.2010 – 30.11.2010 г. – Рук. И. Грановский
  22. Договор № 21/08. «Разработка олигонуклеотидов для мультипраймерной ПЦР и гибридизации». Срок действия 27.05.2008 – 28.02.2009 г. – Рук. И. Грановский
  23.  Федеральная целевая программа Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009 – 2013 годы, «Конструирование систем защиты организмов-продуцентов биологически активных веществ от чужеродных ДНК» рук. Захарова М.В.
  24. Федеральная целевая программа Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009 – 2013 годы № П1357от 11 июня 2010, «Пороформирующие токсины: управление процессом клеточной смерти» Рук. Ковалевская Ж.И.
  25. Государственный контракт № 9548/14202 от  «4» июля 2011 года У.М.Н.И.К. «Разработка тест – системы для детектирования патогенных штаммов Bacillus cereus и Bacillus anthracis» рук. Шапырина Е.В.
  26. . Dmitry Zimin Dynasty Foundation Postdoctoral Fellowship Program (molecular and cellular biology) "RNA-mediated control in restriction-modification systems." Nagornykh Maxim, совместно с ИБГ РАН

 
 


142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел./факс: (495)956-33-70, boronin@ibpm.pushchino.ru; rta@ibpm.pushchino.ru; www.ibpm.ru


Разработка сайта - Alces