Институт биохимии и физиологии микроорганизмов (ИБФМ) был основан в июне 1965 года как один из институтов, строящегося в те годы Центра биологических исследований Академии наук. В основу первой исследовательской программы Института, сформулированной в 1963 году, были положены следующие задачи:
- изучение тонкого строения и биохимических функций микробной клетки;
- разработка теоретических основ управления ростом, развитием и обменом веществ у микроорганизмов;
- микробиологическая трансформация органических веществ (стероидов, аминокислот и др.);
- использование микроорганизмов для биосинтеза биологически активных веществ и др. практически важных соединений (витаминов, ферментов, антибиотиков, алкалоидов).
В Институте были созданы лаборатории, сыгравшие важную роль в становлении и развитии отечественной микробиологии ибиотехнологии. Руководство этими лабораториями и отдельными направлениями осуществляли и осуществляют ученые, имеющие мировое признание: Н.Д. Иерусалимский, Г.К. Скрябин, .А. Баев,Л.В. Калакуцкий, А.М. Боронин, И.С. Кулаев и др. С их именами связаны крупные вехи развития биохимии, микробиологии, молекулярной биологии и биотехнологии в нашей стране.
Первым директором Института был (1965-1967 г.г.), затем академик Г.К. Скрябин (1968-1988 г.г.), который являлся выдающимся ученым в области общей и промышленной микробиологии, биохимии микроорганизмов.
Особое место в этом ряду занимает академик А.А. Баев, который являлся руководителем исследований, направленных на создание новых, полезных для практики микроорганизмов - вирусных антигенов, ферментных и гормональных препаратов.
С 1988 г. и по настоящее время Институтом руководит чл.-кор. РАН, профессор А.М. Боронин.
Два подразделения Института - Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ) и Опытно-технологическая установка (ОТУ) включены в "Перечень уникальных научно-исследовательских и экспериментальных установок национальной значимости".
В фондах ВКМ хранится и поддерживается более 14000 микробных культур, что составляет около 70% от видового фонда России, 82 % видов имеются только в ВКМ, которая является международным органом по депонированию микроорганизмов. Созданы и опубликованы Указатели и Каталоги микроорганизмов. Фонд поддерживаемого видового микробного разнообразия является самым крупным в России.
ОТУ является уникальной по совокупности параметров базой для разработки широкого спектра биотехнологий для промышленного получения препаратов на основе микробиологического синтеза. При этом основное внимание уделяется наукоемким технологиям. Разработанные технологии могут использоваться в различных сферах деятельности - медицине, ветеринарии, растениеводстве, пищевой промышленности.
С самого начала организации Института исследования фундаментального характера тесно соседствовали с созданием научных основ биотехнологии, а в последние годы - биотехнологии защиты окружающей среды, большое значение при этом придавалось развитию молекулярной биологии, генетики и биоинженерии, а также коллекционированию микробного разнообразия.
В настоящее время Институт участвует в выполнении работ по 60 отечественным и 16 международным грантам и программам в т.ч INTAS, NATO, INCO Copernicus, CRDF, РФФИ, ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники гражданского назначения», ФЦП «Интеграция науки и образования», «Содержание уникальных стендов и установок», и др.
На разработки ИБФМ получено более 370 патентов СССР и РФ, 79 патентов зарубежных стран. Результаты работ отражены в более чем 7200 публикациях в отечественных и зарубежных изданиях.